上次提到准备写点关于女神转生的介绍。这里是一份简要的剧情攻略。
恶魔召唤师2 灵魂黑客
- 类型：RPG
- 厂商：ATLUS
开始的地点是夜幕下的天海市。这里由于政府的「次期情报都市」政策，五年中从一个普通的地方城市一跃成为被电脑网络包裹着的模范都市。其建设的核心部份是名为 Paradigm X 的网络城市。这个虚拟城市内有现实城市所具有的一切设施，当然也有现实中所不具备的，如同科幻小说中的同类题材。在正式开放以前，只有少数被选中的市民才有幸进入这个电子伊甸园。
天海市街边的一个公共终端。主人公与女友瞳正尝试非法侵入 Paradigm X。两人都是黑客组织 Spookies 的成员。眼下冒着危险从事的违法行为不过是出于年青人的好奇心罢了。
主人公很轻松的调出了一个当选者的记录，改为自己的名字。这时屏幕上出现了一个自称 Red Man 的人发来的讯息。他警告主角网络警察已经出动，但主角对其人一无所知。
黑客的手段立竿见影，妹妹友子打来电话，家里收到了入选通知。
回到家中电脑旁正欲开动，却收到组织发来要求集合的电子邮件（在地图上移动时按 R 键会显示地名）。到达 Spookies 的大本营芝滨停车场见到伙伴之一，组织的领袖樱井。他捡到了一把奇特的枪型电脑，但无法启动。
玩心很强的主人公和瞳在樱井走后迫不及待地进入了 Paradigm X。在这里主要是熟悉一下 3D 空间的操作方法。去过映画馆和空中幻象后就可以离开了。这时主角眼前闪烁起电光， Red Man 出现了（这家伙通常显示为狼型，不过这只是网络上的伪装）。为了更好的交谈，他将主角的灵魂吸进了电脑内。
Red Man 单刀直入，他希望得到主角的帮助，与自己一同拯救天海市即将面临的危机。为了用最直观的方式解答主角的疑惑，他为主角安排了一场特殊的电影，在这部情节跌宕起伏的大作中，会贯穿三个这种主角带入其他角色的虚拟场景， Red Man 称之为 Vision Quest。所谓 Vision Quest 实际是一些已死的战士们最后的记忆，主角需要以亲身体验来理解所面对的问题，也就是化身为那些战士来经历其人生最后一幕。 Red Man 称之为「魂的旅行」，虽然是虚拟场景，但是如果在剧本预定结局之前被打倒就算失败，所以冒险已经正式开始了。
Vision Quest 1 被捕舞女
时间回到三天前，同样是夜幕下的天海市，一辆黑色轿车内有一名叫浦边的男子，他身边的座椅上放着那把枪型电脑。
浦边，一名从组织中叛逃的恶魔召唤师。他所背离的组织是名叫「幻影巫师」的巨大集团，正是这个集团的一部分，ALGON SOFT 建造了 Paradigm X。他此行目的是去「ALGON NS 大厦」盗窃名为 Nemissa 的程式。这里开始就出现了「恶魔召唤师」，在本作中延续了前作「恶魔召唤师」的设定，即掌握了特定技术的人可以制造出具有恶魔控制能力的电脑（-_-bb），利用特殊的程序可以进行恶魔的收取、召唤，辅以后面业魔殿的升级版，还可以进行恶魔合体（用两或者多个低等级的恶魔产生高等级的恶魔）。由于一开始就有 LV20，战斗方面是很轻松的，顺楼梯一直上到 5F，找到计算机室任务即完成。
VQ1 结局：由于 Nemissa 程序的容量太大，浦边不得不将仲魔的召唤程式删除才得以盗取。以至于与幻影巫师最强的召唤师菲尼根不期而遇时束手无策。被杀死前，他设定了一组密码将 Nemissa 程式锁定（可以随意设定，但别忘了），最后，瞳的呼唤把主角带回现实世界。
接下来，无论如何要看一看浦边用性命换来的程式是什么内容了。于是，女主角正式登场！程式释放出了名为「尼米莎」的女恶魔，她侵入了瞳的体内，却又未能将瞳的灵魂赶走，最后的结果就是两人只好暂时和平共处，本作的女主角就是这么一个双重人格的奇怪角色。
随后黑客组织的其他伙伴纷纷登场：迫真梧：代号六（Six），北川润之介：代号午餐（Lunch），两人都是今后情节中的重要伙伴。这时，主角收到了老大樱井打来的求援电话，称其在「ALGON NS 大厦」被怪物围困，于是主人公做为恶魔召唤师的第一战正式开场。本作中主角是不会魔法的，知力与魔力两项可以不顾，而女主角相反，只会魔法，所以只需培养知力和魔力（培养成「魔法骑士」是两头不讨好的）。目的地是 B1 的资料室，Boss 是名叫「凯萝尔J」的召唤士，用女主角的攻击魔法一炮一个轻松解决。尔后把他掉落的纸片和许可证捡起。
返回大本营，最后一个伙伴佑一到达。经分析，纸片上记录的是进入召唤师网络的密码。这个网络是从属于幻影巫师集团的恶魔召唤师们接受组织命令的专用网络。通过这些讯息，众人意识到了难以理解的麻烦。
枪型电脑突然收到讯息，是停靠在芝滨港口的水上旅馆「业魔殿」发来的邀请。到达「业魔殿」认识了一个好像腊像娃娃的服务员小姐梅亚丽（窃以为这是全作中最可爱的角色）和船主维克多。通过维克多的整修，使枪型电脑具有了二身的合体能力（但是有 2% 的事故机会和 5% 的消失率，以后还可以通过附加软件来提高事故率，系统设定某些珍稀品种的恶魔只能在合体事故中产生），并赠送了两软件（Install Soft，大概是“软件安装盘”的意思吧 -_- ），今后记录时就可以调整软件了。维克多的“联营”机构芝滨现在也向主角开放。不过，做为交换条件，主人公要去海岸仓库寻找「谜的人型」。那里流程很简单，先走完一、三号仓库，然后进到二号仓库内（别忘记穿上防寒服）。海岸仓库实际上是被斯利尔博士侵占为他的研究所。在 B3F 击倒博士的人造人，而后返回 1F 进入他的试验室可找到「谜的人形」，利用它就可以对恶魔进行合成了。
回到大本营，从召唤师网络上看到一封挑战书。原来，上回被打败的「凯萝尔J」为了挽回面子再次向主角发出挑战，决战的地点设在天体博物馆。另外此时凭许可证可进入名叫海上方舟的大楼。那里设有专为幻影所属召唤师开设的训练处，从中可以收到不少低级魔物做为合成的原始材料。
天体博物馆里陈列有黄道十二宫的展台及说明，必须答对五道关于星座的问题才能进入楼上，答案在展台的说明中，顺便增加一点星座的知识吧（星座达人当然可以不看牌子过关啦）。在楼上遇在「凯萝尔J」，这个傻瓜引来了恶魔穆维斯并被其附身。穆维斯会使用全体中毒的特技（中毒后攻击力减半），被击败的穆维斯的灵体竟然也钻进瞳的体内！而后与尼米莎发生争夺后连同瞳的身体一起消失了…从附身状况中解放出来的「凯萝尔J」彻底认输。
回到大本营，发现瞳的影像竟然出现在电脑屏幕上。原来恶魔穆维斯遁入了 Paradigm X 系统，而同为恶魔的尼米莎因此也学会了在网络上移动的方法，利用这种能力她将主人公的实体也带入了虚拟城市，这是尼米莎第一次进入 Paradigm X，自然十分兴奋。在服装店里她按照自己的心愿将瞳（也就是她自己）重新包装了一番。
Vision Quest 2 终结之物
这个剧本的主角是幻影的一名成员，名叫犹大，身为暗黑召唤师的犹大一直对于自己的人生道路持有坚定的信念，但是在与恶魔战斗的最前线接触到恐怖的真实后，陷入了深深的迷茫。
幻影巫师集团的基地，天海独谷的高层内，犹大应邀来到组织的最高指导人西次官面前。一身阿拉伯打扮的犹大手执着一支金色的萨克斯管。那支萨克斯管实际上是主角那把枪一样的异型电脑。西神色焦急地告诉他，建设中的天海市空港受到了恶魔马尼突的控制。
到达天海空港内部，由于控制室被恶魔占领，电梯无法启动。只能先找到手续台手动打开电梯。顺序是 1F、2F、B1F。在手续台意外的撞见了丽，丽此时从属于幻影敌对的渣滓派召唤师组织。为此，犹大向丽发出了挑战。
丽的实力非常强劲，因此，玩家要做的只是撑住一定回全不死即可。测试过犹大的能力后丽抽身离去，并且告诉犹大他将自己的力量用错了方向。一直以来，做为组织的骄子、深信自己的行为充满了正义的犹大已开始动摇…
操作过 B1F 的手续台后就可以乘坐电梯上 3F 进入管制室了。在这里盘据着的是一个残缺不全的恶魔，它自称温派。对付温派最好用物理攻击，若队中有增加攻击力的辅助魔法则会更加轻松。
VQ2 结局：打败温派之后管制室里的电脑突然象发疯一般地呼叫恶魔马尼突，随后与犹大一起爆炸了。直到那粉身碎骨的最后一刻，犹大也没有找到自己人生目的的真正答案。
告别了 Red Man，主人公回到现实世界，正巧遇到由召唤师在网络上发来的紧急通知：天海空港内部恶魔温派再次出现，持有战斗力的召唤师立即前往。虽然是敌人的通知，但恶魔威胁的是整个天海市，所以主角与尼米莎还是出发了。
首先在 2F 的房间内见到犹大的灵魂，他会提示主角去寻找他的萨克斯管。在 B1F 的废物堆积室内取得萨克斯管，从而得到犹大的赠品力量记忆体和他的全部仲魔――这是犹大一生留下的唯一价值吗？
3F 管制室内，菲尼根已将温派干掉。他认出主角不是幻影的人，因此展开了战斗。敌方是幻影遗留下的魔物。
返回大本营，樱井告诉主角，通过他的活动，电脑所用的辅助软件有着落了。去芝滨的 EL-115 可以见到从事非法软件销售的阿尔法、贝塔兄弟。虽然人长得有点变态，但却是一流的黑客。在那里可以买到不少新的辅助软件，但电脑的内存有限，要有所选择。
主角的母亲打来了电话。回到家中目睹的是坐在电脑旁边完全失去神态的妹妹友子，此时电脑上正映出 Paradigm X 的 VR 美术馆。
回到大本营内，召唤师网络上又有了新消息传来：恶魔交易市场建成，具体地点是 Paradigm X 内挂有「王国屋」招牌的店内。这里的雇主会提出各种要求。主人公将附合条件的仲魔交给雇主便会得到优厚的报酬。除有机会得到魔神、女神等难以合成的种族处，还可以得到一些特殊的情报，如关于隐藏种族合成法则或魔晶变化一览表等。总之，这是个非常有用的地方。
前往 Paradigm X 的 VR 美术馆内。早就听画廊老板说过有人能够进入画廊中，可没想到现在自己真的遇上了。果然在虚拟空间内没有什么是不可能的。
美术馆 2F 尽头摆放着一张海豚的画。进入画中，就会置身于美妙的海洋世界，而且远方还有友子的身影，她好像在与海豚嬉戏，但此时是如同海市蜃楼一样可望而不可及的。
退出海豚的画，主角三人无计可施。这时出现了一个名叫魔术师的古怪男子。他声称可以帮助主角救出妹妹友子。但条件是与他做个游戏，游戏内容很简单，其实就是寻找棋子。进入 VR 美术馆 1F 的画「幽泷」，首先打到宝物库，无法进入后再去找分别躲在地图四个角上的四位老者，从而获得「开门之书」。四位老者互相推脱，全部交谈过一遍后尼米莎认定有一人在说谎。此时，找穿黄衣服的老头吓他一下就可得到「开门之书」。宝物库内放有第一枚棋子。
2F 的风景画「变形的朱莉亚」，进入后不能使用地图，围绕有出口的建筑物会发现两个沙的旋涡。进入右边那个，按右、左、右的顺序前进便可找到第二枚棋子。
最后是「密边向チェス」。穿过巨大棋盘，在两头小屋内找到节日终结石。接下来主人公要与魔术师作战，获胜后便可得到第三枚棋子。
现在可以去救友子了。迷惑友子的海豚实际上是个恶魔，这个 Boss 相当强，尤其是它的全体催眠术十分讨厌，与其作战一定要带上具有“精神无效”能力的仲魔。
从网络上出来，首先去 EL-115 取得新的软件。然后回家一趟，此时友子已恢复了正常。
从家中出来，主人公迎面遇上了一个由废旧零件拼凑成的“机动战士”。它就是恶魔穆维斯，可奇怪的是他竟然知道隐藏在瞳面目下的尼米莎的身份，一场轻松的战斗后，这家伙留下一堆碎片便逃走了。
将碎片带回大本营，润之介等人认出这些碎片是由里昂自工生产的机械部件。急于了解自己身世的尼米莎催促主角前往里昂自工捉拿穆维斯。
里昂自工的厂址在由良岛。这是一片漆黑，不过此时是不会遇敌的。打开电源室开关，恢复电气后便会出现魔物。
在三楼找到非正常电源室的钥匙，从四楼正面的的断层落下，打开非正常电源室后启动第二电梯。Boss 穆维斯此时仍不堪一击。战败后，穆维斯再次逃入 Paradigm X，被迫得走投无路后自杀。尼米莎没能问出半点有关自己身世的东西，十分失望。
从网络上下来后，主人公意外地遇到了丽。她终于将主角三人视为了同一陈线的战友，并提示众人应去业魔殿，那里有人在等候主角。
在业魔殿会见到名叫银子的女性。她为主角等人详细介绍了上一代主人公的经历，并且说丽在主角身上看到了前作主人公的影子，因此才向主角提供帮助。在探知了主人公的决心后，她赠送了“无铭之刀”，在业魔殿内用这把刀与仲魔合体可制出强力武器（例如和孙悟空合体会产生金箍棒，遗憾的是这个武器远不算最强）。
回到大本营，主人公发现伙伴们都焦虑不安，原来召唤师网络上传来菲尼根致主角的公开挑战书。小男孩佑一瞒着大家溜去窥探敌情，结果被挟为人质。看来与这个号称幻影头号召唤师的恶战已在所难免。出发前去 EL-115 购入新的软件。
出发地点是天海空港底层的地铁。乘地铁到达天海浮游城。天海浮游城内部结构复杂，但流程却单一化，只要有耐心就足够了。与菲尼根会面后，他会提出与主角一对一决胜负，有信心的话就答应下来吧！战斗中他会召唤出与已方电脑中完全相同的魔物应战，因此这倒有确是一次公平的较量。阵容相同的情况下，只要熟知已方仲魔的弱点就行了。击败菲尼根后，他如约释放了佑一。
主人公平安无事地返回大本营，大家一片欢腾，但唯有佑一与众人不同，原煤本性格活泼的他现在却像变了个人似的…事情还没有结束，网络上发布了市政府公告：对主人公进行通缉并吊销其市民 ID。在这种电子都市里，失去了市民 ID，就意味着被剥夺了一切经济权力，根本无法生存下去。敌人竟使出了这种卑鄙手段（具体影响，只要到平时购物的芝滨コァ去逛一圈就知道了）。最后，还是通过樱井的关系，从阿尔法和贝塔那里得到了伪造的 ID，才摆脱了窘况。幻影使出这个狠毒的手段，更坚定了主人公与其作战的决心。
接下来的战斗，是拯救同伴真吾所迷失的灵魂。继友子之后，真吾也陷入了相同的植物人状态，他面前的电脑上显示出恐怖屋的画面。正如那个神秘声音所说的，大多数人在面临回到过去和迈向未来的选择时多会选前者，是因为想着来补救自己在过去犯下的无可挽回的错误吧。真吾也是如此，太执着于过去，以致于被恶魔所控制而自我迷失在回忆中。要拯救他就必须进入三个记忆的间，将他的心从过去唤回。但是在进入三个门以前，建议先从尽头的阶梯走到楼上。2-4F 各有一件女主角专用装备品。备齐后非常强力。另外，恐怖馆内有不少魔物持有「咒杀」，它能令主人公瞬间即死，因此一定要装上防咒杀的道具。
进入记忆的间，启动八音盒，分别进入三个名为「幼年的回忆」、「追忆的风」、「过去的扉」的迷宫。在其中建议使用退魔水（店内有售）驱除魔物来专心找路，若掉落至 B1F 则可在十字架后面找到阶梯。在迷宫内，找到门前天花板上有一盏灯的房间即大功告成。这些房间里珍藏着真吾幼年的回忆。
谜底终于揭晓，幼年的真吾有一个对他关怀倍至的姐姐，两人曾发誓要一辈子在一起渡过。但是，一次真吾开玩笑时不慎将姐姐从楼梯上推下，失手害死了姐姐…那个流血的玩偶意味着生命如同玩偶一样的脆弱。长期的负罪感使他决定在这个 VR 空间里与「姐姐的亡灵」共同渡过余生。此时去 6F，打败那个「亡灵」即可救出真吾。在那个小女孩消失的一刹那间，会见到一只有水晶般汹涌的神奇生物，这是什么呢？
回到现实世界，真吾已经从回忆振作起来了，而瞳仍然对消灭真吾姐姐的亡灵十分感伤。
回到大本营，刺客杀上门来（战斗准备要在去真吾家之前就要做好），战斗完毕得知敌人在停车场安放了炸弹。樱井将车开到了由良岛仓库，从现在起这里成为了活动的基地。刚定下来，妹妹友子打来电话通知父亲出事了。在名为金钱购物中心（ぁかねモ-ル）的超市内主人公的父亲与许多人一起陷入疯狂状态。
赶到金钱购物中心，进门后在右边的壁柜内找到钥匙。然后进入仓库，将蓝、黄色开关打开才能进仓库 2，在 B2F 找到陷入疯狂状态的父亲。
回到新的大本营，正遇上润之介等人完成了分析工作。调查的结果，所有产生疯狂、失神症状的家庭都是 Paradigm X 的入选者。而所有与 Paradigm X 联网的个人电脑都装上了名为「小囊（タリブト）」的CPU。小囊是由「ALGON 精工」出品的，润之介的父亲也在那里工作，对此他很不安，由于母亲的缘故，润之介一直没有原谅自己的父亲。BTW，出发去「ALGON 精工」之前，召唤师网络上传来斯利尔博士的消息，此时可以进入位于二上门的「灵长智能研究所」，里边有多得惊人的低等魔物和香蕉皮。Boss 是博士手下猴子，必须连续回答正确五个问题才会进入战斗。战斗时猴子会召出许多拥有「肉弹」的魔物，此时不要将主角放在队列前排。不过由于战斗结束后并不能象上一代那样得到造魔素，所以这里是可来可不来的。
「ALGON 精工」内，将 2F 的开关全部打开后，将 1F 的各个生产线走遍。走完 3F 后回到第一生产线，在那里亲眼目睹了小囊的生产过程：每一只小囊内部都封装了一只水晶蝙蝠一样的奇妙生物，但普通人是看不见这种生物的。
这里润之介的父亲出现了。虽然作为这个工厂的一份子，他还是支持了大家的调查活动。从他那里可得到进入工厂头目房间的许可证，在 3F 壁上有文字的区域就相当于入口。
在这里找到了事件真相的纪录，小囊实际是幻影发动的灵魂收集工程的组成部分。那个象蝙蝠一样的东西能在网上移动，并且具有进入人的内心能力的病源生命体。友子与真吾就是这种东西的受害者。这时厂长赶来，并变身为恶魔姆哈萨，他是典型魔法型 Boss，由于他具有魔法反弹能力，而且擅长物理攻击的仲魔又承受不了他的魔法，所以身边若没有魔防高、战斗力强的神族成员的话就必定是一场苦战。
回到大本营，电视上播出新闻，将主角、真吾、佑一做为罪犯黑客通缉。这回做得更绝，除背水一战外众人已无退路。紧接着收到一封寄给樱井的电子邮件，称赞他在事件中起了很大作用。署名竟然是「ALGON SOFT」负责人门仓。樱井立即被众人视为叛徒，他承认自己以前在「ALGON SOFT」工作，但发誓并没有出卖伙伴，可是由于他没有被通缉的事实使他的故事显得软弱无力。伙伴们纷纷弃樱井而去，尼米莎却劝说主角不能仅仅因为敌人的一封信就怀疑生死与共的伙伴。后来的事实证明她是对的。
此时又接到 Red Man 的通知，准备最后一次「魂的旅行」。
VISION QUEST 3 最后一叶
时间回到数月前。在古色古香的唐人街中华餐馆，天海市实权人物西次官和一神秘的东方女子在一起。这个东方女子名叫尚美，体内继承有神的血液，拥有无法形容的力量。这次应西次官之请，前往二上门发掘出的古代遗迹内消灭沉睡的恶魔。
由于尚美没有 PC，没有地图可供查看。因此在废墟中前进时一定要认准方向。至于战斗，这里却是最简单的，使用尚美的神技（也就是女主角 80 级以后开始出现的“神技”——一般对她也就是练到这些神技全出来）就可轻松对付。就算 MP 快耗尽，「酒神苏摩神权现」那一式即可保证用之不竭的 MP。
神殿有两个入口，左方进入是泰亚马特，右方是阿普斯。两者都已不能称之为恶魔，而是太古的神。幸好在长年的睡眠中已遗忘了神的技能，所以攻击方式很单一，只要注意回复即可获胜。
VQ3 结局：令尚美出乎意料的事发生了，打倒古神后，自己的意识也可开始模糊起来。由于神被打倒，尚美体内的神的血液也随之死去。这个神与恶魔生下的女子，由于投身世俗红尘而断送了性命。
至些， Red Man 唤醒主角灵魂的工作已经结束。然而对于尼米莎的身世，他答应在下一次会面时揭晓。
虽然伙伴们分手了，剩下的三人还是得继续作战。樱井向「ALGON 本社」的电脑系统输入病毒，虽然被觉察但已引发了异变。「ALGON 本社」内被封印的恶魔纷纷出笼，整个建筑物结界已无法进入。尼米莎想出以网上进入的办法，利用她的网络移动能力将主角等送入「ALGON 本社」。
此时「ALGON 本社」内已是电气全无，魔物四处游荡。众人在 1F 意外地碰上了菲尼根。但他提出休战，并要求暂时与主角合作清除魔物。按按他给出的顺序（若不与他合作，会拾到他的记录，也是一样），解开 2F 的各个封印。对 Boss 战之前，会先与菲尼根一决高低，尽管是与这家伙最后一次较量，却仍是令人失望的简单。
Boss 是网络怪物马尼突的一部分。与前几个家伙一样，认识尼米莎并疯狂地向她攻击。击败马尼突后瞳的身体受其影响发生异变瞳的意识陷入了沉睡状态，尼米莎告诉主角不尽快找到办法的话瞳就再也不能醒来了。
回到大本营内，等在那里的竟是木偶般的佑一。而真吾、润之介和樱井也成了敌方的人质，被洗脑后的佑一被送回来传话。丽在附近目击到幻影的人后赶来，并担任了对佑一的治疗工作。
人质关押地点是天海大厦市政府所在地。这里除了等级很高的魔物公开在国家机关内游荡外，流程也颇费周折。大厦分为相互独立的左右两部分，在 20F 的两个仓库内分别救出真吾和润之介后，将两人送到 20F 的管制室内（左右两部分各有一个管制室），两人合作破译了管制室的密码，但是启动密码的体力活只能由主角胜任。经过一系列繁琐的跑来跑去终于开启了大楼中部的入口。
管制室内，与市政府头目西次官会面。不出所料，这个长得像个吸血鬼的家伙也是个恶魔。Boss 西次官的本体是阿札泽尔，物理战斗很强，要出动魔法型陈容。
打倒天海市最高头目，似乎一切都完了。只剩下樱井没有找到。众人来到建筑物顶部，炸毁了用于灵魂搜集的设施。破坏工作刚结束，恶魔撒特奈尔出现，他附体于樱井向众人发动了攻击。撒特奈尔的特点是与阿札泽尔刚好相反，长于魔法而惧怕物理攻击。
击败了撒特奈尔，樱井也伤重而死… 亲密伙伴的死使瞳的意识出现了短暂的复苏，但随后又陷入了更深的沉睡。
昏迷中，尼米莎和主角见到了 Red Man 的真正样子，他随之告之了尼米莎的身世。原来真正的马尼突是形成于网络海洋中，本身不具备善恶意识的巨大生命体，从这个母体里产生了恶魔穆维斯、塞姆哈萨、温派、阿札泽尔和撒特奈尔，而尼米莎是 Red Man 为了破坏马尼突，从马尼突自身引出的精神体。她存在的意义就是为了毁灭生下自己的母体，因此会遭到那些算得上是兄弟的恶魔的追杀。由于自身没有实体，与瞳同化的结果，瞳的灵魂正在被尼米莎无意识的消灭。
明白了真相的尼米莎毫不犹豫地开始寻找马尼突。最终战的地点是掩盖于市政府大厦地下的古代遗迹，从芝滨有左边进入二上门。入口在天海大厦旁边的芯片搬出口。在二上门地下 3、4 阶段可以找齐一套「将门武具」――主角的究极防具，但必须有 10 的魔力才能装备。
走到写有“圣堂”的门前时，就到了最终站的目的地。为了发挥仲魔最大能力，最好选择新月或满月的时候。
目前的物体就是马尼突吗？巨大而又光辉的躯体，四周飞舞着莹烛般的病毒生命体，完全不是概念中的恶魔形象。尼米莎尝试着与其沟通，却发现此时还有异物存在。「异物」是 Paradigm X 的缔造者门仓。他站在马尼突的顶部，拼命吸收载有人类灵魂的胞子，并且由于他的存在，阻碍了尼米莎与马尼突的联系。
最终战开始，目标就是门仓，门仓较有威胁的攻击是「异形胞子飞弹」和「极光大破折」。最终有两种打法，正统打法与其对决，一定要有会辅助魔法的仲魔。名称中的「カヅャ」字样的就是辅助魔法，全员攻击力上升、魔法威力上升与防御力上升是一定要有的，若再加上命中力上升和敌防御力下降的话，那么这一战就会很轻松了。这种打法的关键是要预先了解仲魔的性能。另外还有一些邪门打法，不提。
门仓的第二形态是与马尼突同化后类似一棵树一样的东西。除保留前面的招式外还会使用究极的冲击魔法「セカンドザン」，威力奇强。另外，上一战时用辅助魔法所提高的能力也全部复原。但总体来说，这种难度与上一代最终 Boss 是天壤之别，也许是这个系列历代 Boss 中最弱的家伙（一看就知道必有隐藏 Boss 无疑）。
消灭了门仓，尼米莎了解了马尼突真正的心意，做为网络产生的生命体，仅仅是维持自身的存在就会对人类带来危害，尽管这并非出于自身意志，只是为了有一个容身之处，就会对瞳造成无中挽救的伤害。两位一体的局面结束了，尼米莎回到了自己真正的家，在最后的歌声中祝福瞳的苏醒。
尾声，润之介与父亲重归于好，并为了继续探求自己未知的事物而当上了职业记者；真吾接受了家传的店面；佑一的目标则是成为樱井那样的黑客高手；瞳计划与父亲一起去美洲旅行，到那里看一看尼米莎出生的地方…
为了满足玩家们的自虐欲望，本作还可以“二周目”――启动破关记录，得到一展身手的机会，原本不能进入的天海 11F 现在开启。里边中谜一般的「时之回廊」……打通之后会得到几个特殊的芯片，然后会被传送回游戏开始时，进展到业魔殿时进行恶魔合体可以不受等级限制，而且身上的仲魔都保留。